Как запретить запускать программы через реестр?

Для запрета запуска программ через реестр поменяйте значение в разделе

Раздел [HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer]

Значение "DisallowRun"=dword:00000001

Создайте там же подраздел DisallowRun в нем создавайте строковые параметры программ которые не должны запускаться у пользователя.